微生物數(shù)量多而復雜，在多數(shù)條件下 ，無法模擬和重現(xiàn)其生活的原始環(huán)境條件，致使環(huán)境中仍有99%的微生物不能得到純培養(yǎng)。較傳統(tǒng)的分類學研究手段，宏基因組操作更簡單，能夠一次獲得大量數(shù)據(jù)。較微生物多樣性測序技術，宏基因組研究的物種更完整，分辨率較高，物種鑒定準確度高，功能分析更完善。較宏轉錄組測序技術，宏基因組對樣本要求較低，更容易構建高質量文庫，價錢更低。