百邁客微生物事業(yè)部自成立以來，與全國多家科研院校合作，提供高質(zhì)量的測序服務，具有豐富的項目經(jīng)驗，據(jù)不完全統(tǒng)計，百邁客微生物領域合作文章累計影響因子2000+。文章見刊于《Cell Host & Microbe》、《Water Research》、《Journal of Hazardous Materials》、《Gut Microbes》、《Bioresource Technology》等高水平雜志。
今天給大家分享三篇百邁客客戶成功案例，文末附有思路總結(jié)，希望對各位讀者有一定參考價值。

成功案例一：牛血清白蛋白通過腸道菌群免疫軸加重Klotho缺陷小鼠巨噬細胞M1活化和腎臟損傷

期刊：International Journal of Biological Sciences

影響因子：6.58

發(fā)表時間：2021.2.2

合作單位：上海復旦大學附屬華山醫(yī)院

研究方法：微生物多樣性+QPCR+Western blot

文章簡介

Klotho表達異?？蓪е履I臟損傷和慢性腎臟疾病，但其潛在機制尚不清楚。在該研究中，使用低劑量牛血清白蛋白(BSA)處理Klotho+/-小鼠和野生型小鼠。病理檢查表明BSA-Kl-/+組小鼠腎小球膠原沉積和纖維化面積明顯大于BSA-WT組。BSA-Kl-/+小鼠血清超氧化物歧化酶、丙二醛、肌酐和尿素水平顯著升高。腸道菌群16S rRNA v3-v4區(qū)序列分析表明，BSA-K1-/+小鼠的Dubosiella、Akkermansia、Alloprevotea和Lachnospiraceae屬的相對豐度顯著高于BSA-WT小鼠，而Allobaculum和Muribaculaceae屬的相對豐度顯著低于BSA-WT小鼠。KEGG分析表明，BSA-Kl-/+小鼠體內(nèi)信號轉(zhuǎn)導、外源生物降解代謝和脂質(zhì)代謝的代謝途徑顯著增加。流式細胞儀檢測表明BSA-KL-/+小鼠外周血CD68+/CD11b+細胞比例明顯高于BSA-WT小鼠。QPCR和Western blot表明BSA-KL-/+小鼠MΦ-1細胞中Klotho和Nrf2的表達明顯降低。結(jié)果表明，在牛血清白蛋白治療的Klotho缺陷小鼠腸道微生物菌群失衡引起的免疫激活和慢性炎癥過程中，單核巨噬細胞M1細胞NRF2/NF-κB信號通路蛋白表達的紊亂導致炎癥和腎臟損傷的加重。

圖1.BSA通過腸道菌群-免疫軸加重klothod缺陷小鼠巨噬細胞M1激活和腎臟損傷。

成功案例二：H-NMR代謝組學結(jié)合16S rRNA基因測序確定葛根素對蛋氨酸膽堿缺乏飲食誘導的非酒精性脂肪性肝炎的治療潛力

期刊：Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis

影響因子：3.965

發(fā)表時間：2021.2.9

合作單位：廣州中醫(yī)藥大學藥學院

研究方法：微生物多樣性+代謝組

文章簡介

已有研究表明葛根素對非酒精性脂肪性肝炎(NASH)有保護作用，但其確切作用機制尚不清楚。該研究采用代謝組學和16S rRNA基因測序技術相結(jié)合的方法，探討葛根素對甲硫氨酸-膽堿缺乏(MCD)飲食誘導的C57BL/6小鼠NASH的保護作用及其機制?；诤舜殴舱?NMR)的代謝組學研究表明，MCD飼料喂養(yǎng)的小鼠與健康對照組相比，肝臟和尿液的代謝表型發(fā)生了顯著變化。在小鼠肝組織和尿液中分別鑒定出8種和13種與NASH相關的差異代謝物。這些途徑主要包括嘧啶代謝、一碳代謝、氨基酸代謝、糖酵解、三羧酸循環(huán)以及酮體的合成和降解。此外，16S rRNA基因測序分析表明，MCD飲食對小鼠腸道菌群有顯著影響，并發(fā)現(xiàn)與NASH相關的40個不同細菌類群。葛根素通過緩解代謝紊亂和重新平衡腸道菌群，改善了NASH小鼠肝臟脂肪變性和炎癥反應。葛根素能抑制產(chǎn)脂多糖(LPS)的Helicobacter屬，促進產(chǎn)丁酸的Roseburia屬的生長。這些發(fā)現(xiàn)為深入理解NASH的發(fā)病機制提供了新的見解，并為葛根素作為抗NASH藥物的潛在用途提供了進一步的證據(jù)。

圖2.對照組和模型組在屬水平上受干擾的腸道微菌群和改變的肝和尿代謝物之間的相關性。

成功案例三：竹屑O-乙?；揪厶菍β暹叨“氛T導的小鼠便秘的緩解作用

期刊：Carbohydrate Polymers

影響因子：9.381

發(fā)表時間：2021.10.10

合作單位：福建省農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)業(yè)工程技術研究所

研究方法：微生物多樣性測序+代謝組+轉(zhuǎn)錄組

文章簡介

BSH-1是一種從竹屑中提取的O-乙?；揪厶?。該研究測定了BSH-1對洛哌丁胺(Lop)誘導的小鼠便秘的保護作用。小鼠每日灌胃BSH-1，連續(xù)14天。在便秘小鼠中，BSH-1顯著縮短排便時間，提高胃腸(GI)通過率、糞便產(chǎn)量和盲腸短鏈脂肪酸(SCFAs)濃度。BSH-1調(diào)節(jié)血清胃腸激素和神經(jīng)遞質(zhì)水平。BSH-1還顯著改變了便秘小鼠的盲腸菌群，增加了潛在有益細菌(如 Lactobacillus, Roseburia和 Bacteroidales_S24–7)的豐度，減少了潛在致病菌(如Alloprevotella和Staphylococcus)。此外，結(jié)腸轉(zhuǎn)錄組分析表明，BSH-1顯著逆轉(zhuǎn)了便秘小鼠腸道運動、水和離子轉(zhuǎn)運、炎癥和癌癥相關基因的表達變化。結(jié)果表明，BSH-1能有效緩解LOP誘導的小鼠便秘，有可能用于便秘的治療。

圖3.盲腸細菌群落在門水平上的分類概況

以上論文的測序和部分數(shù)據(jù)分析工作由百邁客生物完成。如您有任何疑問，歡迎點擊下方按鈕與我們討論。

總結(jié)

通過以上三篇文章，我們可以發(fā)現(xiàn)，當研究某生物學問題時（如本文的便秘，非酒精性脂肪性肝炎等），一般研究思路為：1）構建合適動物模型，如基因缺陷小鼠，洛哌丁胺致小鼠便秘模型，DSS誘導結(jié)腸炎小鼠模型等；2）分組設計和樣本收集，根據(jù)研究目的進行樣本收集，常見樣本類型包括小鼠腸道，糞便，尿液，血漿等；3)檢測分析，包括代謝組檢測，轉(zhuǎn)錄組表達分析，腸道菌群測序分析，qPCR等；4）數(shù)據(jù)統(tǒng)計，差異物種分析，差異代謝物分析和差異表達分析等。通過對多組學數(shù)據(jù)進行相關性分析進而可以得到菌群與其他指標的相關性。
二代微生物可在屬水平上進行研究，運用PacBio全長微生物多樣性能夠在種水平上尋找差異的物種，進一步提升biomarker的鑒定水平。正值年末，百邁客微生物系列產(chǎn)品促銷活動火熱進行中，無論是測序還是分析，價格優(yōu)惠，歡迎垂詢~

百邁客微生物組+代謝組聯(lián)合分析一站式服務

百邁客擁有完備的實驗分析平臺，可以開展宏基因組（Illumina/ONT）,二代微生物多樣性，全長微生物多樣性，細菌/真菌基因組測序及數(shù)據(jù)分析服務,百邁客在微生物組領域深耕多年，致力于提供高質(zhì)量的科研服務。目前已搭建微生物多樣性分析平臺、宏基因組分析平臺、微生物基因組和宏基因組binning分析四大平臺。同時百邁客可提供LC-MS檢測平臺，非靶代謝組學，脂質(zhì)組學，靶向，代謝組學、廣靶代謝組學可以在這里找到解決方案，為你科研提供無憂技術服務。

參考文獻：

1. Lai L, Li Y, Liu J, et al. Bovine serum albumin aggravates macrophage M1 activation and kidney injury in heterozygous Klotho-deficient mice via the gut microbiota-immune axis[J]. International journal of biological sciences, 2021, 17(3): 742.

2. Gong M, Zhu C, Zou Z, et al. Therapeutic potential of puerarin against methionine-choline-deficient diet-induced non-alcoholic steatohepatitis determined by combination of 1H NMR spectroscopy-based metabonomics and 16S rRNA gene sequencing[J]. Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, 2021, 197: 113964.

3. Huang J, Lin B, Zhang Y, et al. Bamboo shavings derived O-acetylated xylan alleviates loperamide-induced constipation in mice[J]. Carbohydrate Polymers, 2022, 276: 118761.