一般我們在文章中看到的都是GSE的ID，那我們如何通過GSE的ID進行數據的下載呢，下面就讓小編手把手教您如何進行GEO數據的下載。

咱們以下面篇文章為例：

我們在文末找到作者數據上傳地址和GSE的ID

然后在GEO官網輸入GSE115354，

首先我們可以看到是關于該study的描述信息，包括文章信息、測序物種、實驗類型等等

而我們最關心的東西在頁面的下方

如果我們想下載作者標準化后的數據，可以直接在這個頁面中Supplementary file中進行下載，那如果我想下載原始數據怎么辦呢，不要著急，您慢慢往下看。

我們點擊頁面中Sample對應的GSM的ID，每個樣本都對一個GSM，我們以第一個為例，點擊后進入以下界面

然后點擊最下方SRA編號，進入下面的頁面這里面包含了這個樣本的基本信息，包括測序平臺、文庫類型、數據量等基本信息，然后點擊頁面右上方的Send to按鈕，選擇File，F(xiàn)ormat選擇RunInfo，然后點擊Creat file下載一個csv文件，打開文件，可以看到一個下載鏈接

點擊鏈接就可以直接下載數據了。

下載完成后您可能有些疑問，我們一般測序數據都輸pair-end的雙端reads，為什么我下載的是一個.sra結尾的數據呢？難道是一個單端數據嗎？這個當然不是，SRA為了節(jié)省空間，一般上傳的數據都是.sra的壓縮文件，那我們如何將sra文件轉化成常用的雙端數據呢？這里就要用到SRA提供的一個工具：fastq-dump，

下載網址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

官方說明文檔：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=fastq-dump

當然，這個軟件需要在Linux系統(tǒng)下進行操作，命令行如下：

fastq-dump?*.sra?--split-3

這里的–split-3會把原來雙端拆分成兩個文件,但是原來單端并不會保存成兩個文件。運行完成后就能獲得了您想要的原始數據了。如果您還想學習更多實用的高通量測序數據挖掘和分析的知識，歡迎點擊下方按鈕聯(lián)系我們。