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 分類: 公司新聞, 時空組學(xué), 智能制造

免疫組學(xué)技術(shù)的發(fā)展

“療猘犬咬人方,仍殺所咬犬,取腦敷之,后不復(fù)發(fā)”—東晉?葛洪《肘后備急方》

這是最早關(guān)于人類免疫學(xué)應(yīng)用的記錄。公元前?400?年,中國可能已有人痘苗接種預(yù)防天花的方法,到?16?世紀(jì)明朝隆慶年間,人痘接種法得到重大改進并廣泛應(yīng)用,17?世紀(jì)傳入俄國、朝鮮、日本、土耳其和英國等國家,至18世紀(jì)末結(jié)束經(jīng)驗免疫學(xué)時期,隨后免疫學(xué)又經(jīng)歷了經(jīng)典免疫學(xué)時期,近代免疫學(xué)時期,直到1965年/1968年?B細(xì)胞/T細(xì)胞的發(fā)現(xiàn)開啟了現(xiàn)代免疫學(xué)時期。

隨著免疫學(xué)的逐步發(fā)展,免疫組學(xué)技術(shù)也隨之進入了迅速發(fā)展的時期,先后發(fā)展出了標(biāo)記免疫組技術(shù)、免疫組化技術(shù)、Bulk?T/BCR測序技術(shù)以及近幾年興起的單細(xì)胞T/BCR測序技術(shù),并帶動了相關(guān)科學(xué)的進步。

2017年,張澤民院士研究組,通過大規(guī)模單細(xì)胞測序技術(shù)對肝癌相關(guān)T淋巴細(xì)胞進行分析,首次在單細(xì)胞水平上描繪肝癌微環(huán)境中免疫細(xì)胞圖譜,發(fā)現(xiàn)了肝癌免疫療法的潛在靶點,也為我們從多角度系統(tǒng)性理解肝癌T淋巴細(xì)胞特征奠定了基礎(chǔ)。(2017,Cell,Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing)

2024年,復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院樊嘉院士和高強教授、中國科學(xué)院上海免疫與感染研究所張曉明研究員、浙江大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院郭國驥教授合作在Science上發(fā)表了題為A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers的研究論文,結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、 B細(xì)胞受體免疫組庫和表觀基因組的多組學(xué)數(shù)據(jù),系統(tǒng)性地刻畫了腫瘤浸潤性B細(xì)胞的異質(zhì)性、動態(tài)分化和表觀調(diào)控機制。創(chuàng)新地揭示了腫瘤微環(huán)境中廣泛存在的EF應(yīng)答的癌種偏好性、空間定位特征、臨床意義及潛在的誘導(dǎo)調(diào)控機制。

但是,與逐漸成熟的單細(xì)胞T/BCR測序不同,空間T/BCR測序測序技術(shù)還一直未能有較好的測序技術(shù)產(chǎn)品去做支撐,成果尚少,現(xiàn)有的文章技術(shù)還局限于使用早期的低分辨率轉(zhuǎn)錄芯片為依托。成熟穩(wěn)定且高分辨率的空間T/BCR測序技術(shù)產(chǎn)品的缺乏限制了空間免疫組的研究。

百創(chuàng)空間全長免疫組庫測序技術(shù)?BMKMANU?S3000-VDJ

2024年12月,百邁客生物智能制造以廣受市場好評的亞細(xì)胞級S系列空間轉(zhuǎn)錄組芯片為依托,開發(fā)出了在原片上可同時捕獲3’端轉(zhuǎn)錄組信息以及全長B細(xì)胞受體(BCR)和T細(xì)胞受體(TCR)序列的空間T/BCR測序技術(shù)產(chǎn)品—BMKMANU?S3000-VDJ?,將填補這一技術(shù)產(chǎn)品的缺口。

實測案例-某腫瘤-百創(chuàng)單細(xì)胞級空間免疫組結(jié)果

BMKMANU?S3000-VDJ?技術(shù),使用新鮮OCT包埋樣本,在分辨率為3.5μm的芯片上同一張組織切片(10μm)實現(xiàn)3’端mRNA,以及全長TCR/BCR的捕獲。利用百邁客生物智能制造獨有的圖像校準(zhǔn)及細(xì)胞分割技術(shù),得到單細(xì)胞級分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)果及單細(xì)胞級分辨率的空間T/BCR數(shù)據(jù)。

BMKMANU?S3000-VDJ??技術(shù)路線

精準(zhǔn)空間細(xì)胞注釋

得到的單細(xì)胞級空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)果,可以進行常規(guī)的空間轉(zhuǎn)錄組分析,并進行精準(zhǔn)的細(xì)胞注釋。

精準(zhǔn)細(xì)胞注釋及T/B細(xì)胞的空間分布

T/B細(xì)胞的亞群定位

對于得到的T細(xì)胞及B細(xì)胞又可以繼續(xù)進行詳細(xì)的亞群分類,同時探討亞群之前的相互轉(zhuǎn)換關(guān)系以及與表型之前的關(guān)系。

T/B Cells 亞群分類,亞群空間分布及亞群發(fā)育軌跡分析

TCR/BCR?空間分布以及豐度分析

TCR和BCR的豐度分析可以揭示免疫反應(yīng)的多樣性和動態(tài)變化。例如,TCR的多樣性在腫瘤進展過程中會發(fā)生變化,早期肝癌患者的TCR和BCR均勻性更高,而晚期患者則表現(xiàn)出較低的均勻性。此外,TCR和BCR的豐度變化也可以反映免疫細(xì)胞的激活狀態(tài)和克隆擴增情況。

克隆型空間分布以及豐度分析

腫瘤樣本我們可以類比為一處具有復(fù)雜地貌的特殊地理環(huán)境,不同的環(huán)境造就了各種細(xì)胞的不同狀態(tài),而T/B細(xì)胞在不同的“選擇壓力”下邊進行了不同的“適應(yīng)性進化”。對不同生態(tài)位的T/B細(xì)胞尤其是TCR/BCR進行測定,有助于我們?nèi)ソ沂久庖呒?xì)胞的克隆起源和進化過程。例如,通過分析TCR的VDJ重排,可以追蹤T細(xì)胞克隆的起源和擴增過程。這種分析有助于理解免疫細(xì)胞在不同生理和病理狀態(tài)下的動態(tài)變化。

百創(chuàng)單細(xì)胞級空間全長免疫組產(chǎn)品?BMKMANU?S3000-VDJ,將幫助科研者解決整個轉(zhuǎn)錄組和組織形態(tài)學(xué)問題,實現(xiàn)人類腫瘤或其它病變組織中B細(xì)胞和T細(xì)胞克隆的高保真定位和空間譜系追蹤,將在一定程度上促進對各種臨床相關(guān)現(xiàn)象(如感染、疫苗接種和癌癥)中淋巴細(xì)胞空間動力學(xué)的理解。

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