產(chǎn)品簡(jiǎn)介

簡(jiǎn)化甲基化測(cè)序（Reduced representation bisulfite sequencing,RRBS）主要針對(duì)CpG富集的區(qū)域的甲基化研究方法，它依據(jù)限制性?xún)?nèi)切酶酶切手段將DNA酶切成小片段，選取特定片段大小的序列進(jìn)行重亞硫酸鹽測(cè)序分析，旨在評(píng)估CpG甲基化水平。

實(shí)驗(yàn)流程圖

簡(jiǎn)化甲基化生物信息分析流程

根據(jù)甲基化位點(diǎn)在參考基因組上的位置以及參考基因組上的基因位置信息，可以得到區(qū)域或者位點(diǎn)在基因組發(fā)生的區(qū)域（Promoter區(qū)、genebody區(qū)、downstream區(qū)等）每個(gè)區(qū)域分為20個(gè)bin統(tǒng)計(jì)基因組的基因不同區(qū)甲基化水平,計(jì)算方法分為fraction/mean/weight?methylation level。這里設(shè)定基因前2K范圍為Promoter區(qū)，下游2K為downstream區(qū)；同時(shí)利用RepeatMasker預(yù)測(cè)的repeat區(qū)以及基因注釋文件對(duì)甲基化位點(diǎn)進(jìn)行注釋。輸出結(jié)果見(jiàn)下圖：

相關(guān)問(wèn)題

相關(guān)文章