mRNA最常見(jiàn)的內(nèi)部修飾包括N6-腺苷酸甲基化(m6A)、N1-腺苷酸甲基化(m1A)、胞嘧啶羥基化(m5C)等。RNA甲基化修飾6mA是指RNA分子腺嘌呤第 6 位氮原子上的甲基化修飾,是mRNA上最豐富的甲基化修飾, 占到RNA甲基化修飾的80%。 RNA上不同修飾的堿基在通過(guò)Nanopore納米孔通道時(shí)造成的阻礙大小不同,產(chǎn)生具有特征的電流信號(hào)。通過(guò)對(duì)這些信號(hào)進(jìn)行實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè),則可獲取相應(yīng)的堿基類(lèi)型,及其是否攜帶堿基修飾!也就是說(shuō)Nanopore測(cè)序可以無(wú)需與特異性抗體結(jié)合,得到單堿基分辨率下RNA上的甲基化修飾。
包括可變剪接、APA、融合基因、SSR、CDS預(yù)測(cè)、TSS/TES鑒定等
側(cè)重于解決攜帶特定功能的組織,以期揭示導(dǎo)致不同功能的主要原因
無(wú)需結(jié)合二代轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),即可實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄本水平的定量從而找到全面有效的差異轉(zhuǎn)錄本,鑒定功能基因
等位基因表達(dá)非均等,基因組信息相同而表型不同樣本之間可能發(fā)生了單等位基因隨機(jī)表達(dá),等位基因特異表達(dá)是癌癥重要特征之一。
基于RNA樣本不擴(kuò)增直接全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,可以檢測(cè)RNA水平的堿基修飾,如m6A
對(duì)不同差異分組的差異甲基化位點(diǎn)Differential methylation loci,DML)進(jìn)行分析,并指出高甲基化/低甲基化的DML數(shù)目。
這里轉(zhuǎn)錄本的甲基化水平定義為該轉(zhuǎn)錄本上所有位點(diǎn)的甲基化水平的均值。
a、Writers:將甲基化修飾“寫(xiě)入”RNA,即介導(dǎo)RNA的甲基化修飾過(guò)程。最常見(jiàn)的分子是METTL3和METTL14,兩者可在體外和體內(nèi)催化mRNA(和其他細(xì)胞核RNA)的m6A甲基化。WTAP是這種甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合體中的另一個(gè)關(guān)鍵組分。
b、Erasers:將RNA甲基化修飾信號(hào)“擦除”,即介導(dǎo)RNA的去甲基化修飾過(guò)程。FTO和ALKBH5可以去除mRNA(和其他細(xì)胞核RNA)上的m6A甲基化。
c、Readers:“讀取”RNA甲基化修飾的信息,并參與下游RNA的翻譯、降解等過(guò)程。比如具有YTHDF結(jié)構(gòu)域的蛋白能夠識(shí)別并結(jié)合mRNA中的m6A,而這種結(jié)合會(huì)減少mRNA的半衰期促使其降解。