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ONT RNA 甲基化

無(wú)需與特異性抗體結(jié)合,得到RNA上的甲基化修飾。

產(chǎn)品介紹

mRNA最常見(jiàn)的內(nèi)部修飾包括N6-腺苷酸甲基化(m6A)、N1-腺苷酸甲基化(m1A)、胞嘧啶羥基化(m5C)等。RNA甲基化修飾6mA是指RNA分子腺嘌呤第 6 位氮原子上的甲基化修飾,是mRNA上最豐富的甲基化修飾, 占到RNA甲基化修飾的80%。 RNA上不同修飾的堿基在通過(guò)Nanopore納米孔通道時(shí)造成的阻礙大小不同,產(chǎn)生具有特征的電流信號(hào)。通過(guò)對(duì)這些信號(hào)進(jìn)行實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè),則可獲取相應(yīng)的堿基類(lèi)型,及其是否攜帶堿基修飾!也就是說(shuō)Nanopore測(cè)序可以無(wú)需與特異性抗體結(jié)合,得到單堿基分辨率下RNA上的甲基化修飾。

實(shí)驗(yàn)流程

分析流程

產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)

長(zhǎng)讀長(zhǎng)

理論上Nanopore技術(shù)的測(cè)序平均讀長(zhǎng)能夠達(dá)到幾十到上百 Kb,最長(zhǎng)讀長(zhǎng)能達(dá)到2 Mb以上級(jí)別;

無(wú)需打斷

利于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本定量及可變剪切檢測(cè)等;

低成本

相比其他三代測(cè)序技術(shù),ONT測(cè)序樣本處理極其簡(jiǎn)單,無(wú)需DNA聚合酶、連接酶和dNTPs,測(cè)序價(jià)格低;

不進(jìn)行PCR擴(kuò)增

避免二代測(cè)序中PCR擴(kuò)增可能引入的錯(cuò)誤;

檢測(cè)能力

可直接跨越串聯(lián)重復(fù)序列、高GC/AT序列、高度多態(tài)性區(qū)域、高度同源區(qū)域等特殊區(qū)域,檢測(cè)能力大大優(yōu)于二代測(cè)序;

可直接讀取堿基修飾信息

如甲基化修飾m5C、m6A等,無(wú)須像二代測(cè)序需要經(jīng)過(guò)重硫酸鹽轉(zhuǎn)化或者免疫沉淀富集實(shí)驗(yàn)。

產(chǎn)品應(yīng)用

基因結(jié)構(gòu)研究

包括可變剪接、APA、融合基因、SSR、CDS預(yù)測(cè)、TSS/TES鑒定等

基因功能研究

側(cè)重于解決攜帶特定功能的組織,以期揭示導(dǎo)致不同功能的主要原因

全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本定量研究

無(wú)需結(jié)合二代轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),即可實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄本水平的定量從而找到全面有效的差異轉(zhuǎn)錄本,鑒定功能基因

等位基因特異性表達(dá)分析

等位基因表達(dá)非均等,基因組信息相同而表型不同樣本之間可能發(fā)生了單等位基因隨機(jī)表達(dá),等位基因特異表達(dá)是癌癥重要特征之一。

RNA甲基化

基于RNA樣本不擴(kuò)增直接全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,可以檢測(cè)RNA水平的堿基修飾,如m6A

方案思路設(shè)計(jì)

研究RNA甲基化修飾過(guò)程中的參與者分子在疾病或某一生命過(guò)程中的功能。

揭示疾病或者某一生命過(guò)程中RNA甲基化修飾的變化,即揭示疾病特異性m6A RNA甲基化圖譜。

揭示疾病或者某一生命過(guò)程中特定RNA甲基化修飾與疾病的關(guān)系。

鑒定參與RNA甲基化修飾的新分子,或者建立研究RNA甲基化修飾的新方法。

結(jié)果展示

?轉(zhuǎn)錄本甲基化水平的小提琴圖

繪制所有樣品檢測(cè)到的不同位點(diǎn)的甲基化水平分布,橫坐標(biāo)為樣品,縱坐標(biāo)為甲基化水平,不同顏色代表不同樣品

甲基化水平相關(guān)性

對(duì)所有樣品檢測(cè)到的位點(diǎn)甲基化水平進(jìn)行相關(guān)性分析,可反映不同樣品之間甲基化水平的相關(guān)性強(qiáng)弱。

差異甲基化位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)

對(duì)不同差異分組的差異甲基化位點(diǎn)Differential methylation loci,DML)進(jìn)行分析,并指出高甲基化/低甲基化的DML數(shù)目。

差異甲基化位點(diǎn)聚類(lèi)

對(duì)篩選出的差異甲基化位點(diǎn)進(jìn)行聚類(lèi)分析

常見(jiàn)問(wèn)題

什么是甲基化水平甲基化

這里轉(zhuǎn)錄本的甲基化水平定義為該轉(zhuǎn)錄本上所有位點(diǎn)的甲基化水平的均值。

RNA的修飾過(guò)程中有哪些分子參與?

a、Writers:將甲基化修飾“寫(xiě)入”RNA,即介導(dǎo)RNA的甲基化修飾過(guò)程。最常見(jiàn)的分子是METTL3和METTL14,兩者可在體外和體內(nèi)催化mRNA(和其他細(xì)胞核RNA)的m6A甲基化。WTAP是這種甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合體中的另一個(gè)關(guān)鍵組分。

b、Erasers:將RNA甲基化修飾信號(hào)“擦除”,即介導(dǎo)RNA的去甲基化修飾過(guò)程。FTO和ALKBH5可以去除mRNA(和其他細(xì)胞核RNA)上的m6A甲基化。

c、Readers:“讀取”RNA甲基化修飾的信息,并參與下游RNA的翻譯、降解等過(guò)程。比如具有YTHDF結(jié)構(gòu)域的蛋白能夠識(shí)別并結(jié)合mRNA中的m6A,而這種結(jié)合會(huì)減少mRNA的半衰期促使其降解。